Обзор накопленных научных данных показал, что часть полифенолов и сложных углеводов кофе может достигать толстой кишки и перерабатываться там микроорганизмами. Кофеин при этом преимущественно всасывается раньше и перерабатывается в печени.
При ферментации кофейных углеводов могут образовываться короткоцепочечные жирные кислоты, а из полифенолов — более мелкие фенольные соединения. На состав поступающих в кишечник веществ влияют обжарка и способ приготовления, однако наиболее полезный для микробиоты вариант пока не установлен.
Авторы отмечают, что экспериментальные данные указывают лишь на возможные механизмы. Прямых клинических доказательств значимого влияния этих процессов на здоровье человека недостаточно, а дополнительные контролируемые исследования необходимы.